Вполне возможно, что аппарат не проверяет, та-ли карточка была засунута в автомат изначально, с той, которую он пополняет.

Если это так, то скорее всего схема такая: он сует свою, карта авторизуется, вынимает. Подходит "клиент", сует свою (вхолостую, авторизация уже была), сует деньги, автомат пополняет карту "клиента" на ее чип, но транзакцию в системе записывает на авторизованную карту.

Затем мошенник берет чек (клиент-же его бросит прямо там), идет в кассу и... "Я оплатил денег, а карта не пополнилась".

Кассир берет карту, смотрит в системе - в системе транзакция по этой карте есть, а на чипе карты - нет. И вручную добавляет на чип нужную сумму.

Скорее всего как-то так.